Bioinformática   TBI0054 última atualização: 27/08/2007

• Professor: Heitor S. Lopes (hslopes@cpgei.cefetpr.br) tel. 0xx41-3310-4694
• Horário: 3as feiras das 17:30-21:00
• Sala: Bioinfo (B309) ou C302
• Carga horária: 45 (12 semanas)

Programa proposto: 

Princípios de Biologia Molecular, RNA, DNA, proteínas. Seqüenciamento genômico e algoritmos de montagem de fragmentos de DNA. Busca em bancos de dados de seqüências biológicas, BLAST. Alinhamento de seqüências, similaridade, homologia, alinhamento local, global, escores, alinhamento pareado, programação dinâmica, matrizes de mutação, alinhamento múltiplo, CLUSTALW. Cadeias de Markov, estimação de parâmetros, estrutura, alinhamento múltiplo com perfis de HMM, HMMER. Filogenia e construção de árvores filogenéticas: introdução a estruturas de árvores, construção de árvores através de matrizes de distâncias, parsimônia, alinhamento simultâneo e filogenia, PHYLIP/PTP. Gramáticas formais: gramáticas regulares,  livres de contexto, sensíveis ao contexto e aplicações. Estrutura secundária de RNA. Predição de genes. Proteínas, estruturas, folding e classificação. Outros assuntos de interesse dos alunos.

Cronograma tentativo: 

Bibliografia:

• Baldi, P., Brunak, S. Bioinformatics: the Machine Learning Approach. 2nd. edition. Cambridge: MIT Press, 2001.

• Baxevanis, A.D., Ouellette, B.F.F. Bioinformatics: a Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. 2nd. edition. New York: John Wiley & Sons, 2001.

• Clote, P., Backofen, R. Computational Molecular Biology - an introduction. Chichester, Wiley, 2000.

• Durbin, R., Eddy, S., Krogh, A., Mitchison, G. Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press, 1998.

• Gibas, C., Jambeck, P. Developing Bioinformatics Computer Skills. Sebastopol: O'Reilly, 2001.

• Gusfield, D. Algorithms on Stings, Trees, and Sequences. Cambridge University Press, 1997.

• Hunter, L. Artificial Intelligence and Molecular Biology. AAAI Press.

• Lander, E.S., Waterman, M.S. (eds.) Calculating the Secrets of Life - applications of the mathematical sciences in molecular biology. Washington: National Academy Press, 1995.

• Lesk, A.M. Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press, 2002.

• Mount, D.W. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001.

• Pevzner, P.A. Computational Molecular Biology. Cambridge: MIT Press, 2000.

• Setubal, J., Meidanis, J. Introduction to Computational Molecular Biology. Pacific Grove: PWS Publishing Company, 1997.

• Tisdall, J. Beginning Perl for Bioinformatics. O'Really, 2001.

Outros materiais:

• Rocha, E. Análise de Seqüências. Atelier de Bioinformatique, Institute Pasteur, Paris.

• U.S. Department of Energy - Human Genome Project, Primer on Molecular Genetics, 1992.

• Karchin, R., Hidden Markov Models and Protein Sequence Analysis.

• Eddy, S.R., Profile Hidden Markov Models. Bioinformatics, v. 14, n. 9, p. 755-763, 1998.

Outros recursos locais:

• Projeto Protan
• artigos diversos
• artigos sobre alinhamento de seqüências

Softwares:

• SMS - Sequence manipulation suite  <<< LOCAL
• SAGA - Sequence Alignment by Genetic Algorithm para Linux

• RAGA - RNA Sequence Alignment by Genetic Algorithm para Linux

• T-COFFEE - Objective function for multiple sequence alignments para Linux

• ClustalW para DOS

• ClustalX para Windows

• Kangaroo

• Distributed Folding

• Software and Databases for Computational Biology on the Internet

• EMBOSS - European Molecular Biology Open Software Suite

Mais links:

• A list of bioinformatics courses

• S-star alliance

• European Bioinformatics Institute

• EMBnet, CH-EMBnet

• NCBI - National Center for Biotechnology Information

• CBR - Canadian Bioinformatics Research

• Bioinformatics at the Samuel Lunenfeld Research Institute

• PDB - Protein DataBank

• Swiss-Prot

• SADR - Sequence Analysis with Distributed Resources

• Survey o Molecular Biology Databases and Servers

• Molecular Biology Databases on the Internet

• Books on bioinformatics

• Biomolecular Iteration Network Database

• Genome glossary

• Bibliography- Features, Patterns, Correlations in DNA and Protein Texts

• TIGR - The Institute of Genomic Research

Avaliação:

num.	Aluno	Avaliação
1	Leonardo Tavares	A
2	Nilton Armstrong Jr.	A
3	Rafael Betito	A
4	Stevan Machado	E